Genotipificación por secuenciación de alto rendimiento

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Conocimientos previos

    • Secuenciación Sanger
    • Secuenciación de alto rendimiento
    • Genotipo  y Fenotipo
    • Haplotipo
    • SNP
    • Variación genética

La genotipificación por secuenciación de alto rendimiento es un proceso que se usa para determinar las variaciones específicas (cambios en la secuencia de nucleótidos con respecto a un  genoma de referencia) que existen dentro del genoma de un individuo. Estas variaciones se identifican de manera total mediante el método de secuenciación de alto rendimiento. En la investigación biomédica, estas técnicas sirven para identificar  SNPs en enfermedades, análisis de ancestría, etc. 1 2 3.

Secuencia de métodos

1. Método de Extracción de ADN (Extracción de ADN. Nivel básico): método por el cual se obtiene el ADN  a partir de  células que pueden provenir de un cepillado bucal, saliva, sangre o cualquier tejido (biopsias).

Método de Extracción de ARN total (Extracción de ARN total: Nivel Básico ): método por el cual se separa el ARN  de los demás componentes celulares.

1.1 Método de Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNcAislamiento de ARNm y síntesis de ADNc, Nivel Básico ): Este método consiste en separar el ARN mensajero ( ARNm ) a partir de una muestra de ARN total.

1.2 Método Electroforesis en gelElectroforesis (gel de agarosa y poliacrilamida) Nivel básico  ): método que se utiliza para separar fragmentos de ADN o ARN.

2. Método Cuantificación del ADN: después de la extracción del ADN o la síntesis de ADNc es necesaria su cuantificación y el análisis de la calidad de las moléculas obtenidas. Para esto se utiliza un espectrofotómetro, el cual mide la concentración en una muestra.

3. Método Electroforesis capilar: es una técnica de separación similar a la electroforesis convencional utilizada para separar diferentes moléculas presentes en una disolución.  A diferencia del método convencional,  aquí se usa un tubo hueco con un diámetro pequeño (menos de 50 µm); de ahí que reciba el nombre de capilar.

4     Método Secuenciación de alto rendimientoSecuenciación de alto rendimiento (Pirosecuenciación e Illumina). Nivel Básico  ): es un método que se utiliza para secuenciar muchos fragmentos de ADN o un genoma completo al mismo tiempo.

5     Análisis de las variaciones genómicas (Bioinformática): se emplean herramientas bioinformáticas para el análisis de las secuencias del genoma.

Salida/Resultado
Análisis total de las variaciones provenientes de un genoma.

Procesos alternativos

 

Genotipifiación Sanger

Genotipificación por microarreglos

Aplicaciones

 

SNPs

Ancestria

Farmacogenómica

Temas relacionados

 

GWAS

Mapeo de alta densidad genética

Filogenómica

Genómica ecológica y de conservación

Marker assisted selection (MAS)

 

Referencias:

Steemers, F., Chang, W., Lee, G., Barker, D., Shen, R., Gunderson, K. (2006) Whole-genome genotyping with the single-base extension assay. Nature Methods 3, 31-33 Peiffer, D., et al. (2006). High-resolution genomic profiling of chromosomal aberrations using Infinium whole-genome genotyping. Genome Res. 16(9):1136-48 Guo, Y., Ding, X., Shen, Y., Lyon, G., Wang, K. (2015). SeqMule: automated pipeline for analysis of human exome/genome sequencing data. Nat. Scientific Reports 5:14283

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