Conocimientos previos
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- Secuenciación Sanger
- Secuenciación de alto rendimiento
- Genotipo y Fenotipo
- Haplotipo
- SNP
- Variación genética
La genotipificación por secuenciación de alto rendimiento es un proceso que se usa para determinar las variaciones específicas (cambios en la secuencia de nucleótidos con respecto a un genoma de referencia) que existen dentro del genoma de un individuo. Estas variaciones se identifican de manera total mediante el método de secuenciación de alto rendimiento. En la investigación biomédica, estas técnicas sirven para identificar SNPs en enfermedades, análisis de ancestría, etc. 1 2 3.
Secuencia de métodos
1. Método de Extracción de ADN (Extracción de ADN. Nivel básico [1]): método por el cual se obtiene el ADN a partir de células que pueden provenir de un cepillado bucal, saliva, sangre o cualquier tejido (biopsias).
o Método de Extracción de ARN total (Extracción de ARN total: Nivel Básico [1]): método por el cual se separa el ARN de los demás componentes celulares.
1.1 Método de Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNc ( Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNc, Nivel Básico [2] ): Este método consiste en separar el ARN mensajero ( ARNm ) a partir de una muestra de ARN total.
1.2 Método Electroforesis en gel ( Electroforesis (gel de agarosa y poliacrilamida) Nivel básico [3] ): método que se utiliza para separar fragmentos de ADN o ARN.
2. Método Cuantificación del ADN: después de la extracción del ADN o la síntesis de ADNc es necesaria su cuantificación y el análisis de la calidad de las moléculas obtenidas. Para esto se utiliza un espectrofotómetro, el cual mide la concentración en una muestra.
3. Método Electroforesis capilar: es una técnica de separación similar a la electroforesis convencional utilizada para separar diferentes moléculas presentes en una disolución. A diferencia del método convencional, aquí se usa un tubo hueco con un diámetro pequeño (menos de 50 µm); de ahí que reciba el nombre de capilar.
4 Método Secuenciación de alto rendimiento ( Secuenciación de alto rendimiento (Pirosecuenciación e Illumina). Nivel Básico [4] ): es un método que se utiliza para secuenciar muchos fragmentos de ADN o un genoma completo al mismo tiempo.
5 Análisis de las variaciones genómicas (Bioinformática): se emplean herramientas bioinformáticas para el análisis de las secuencias del genoma.
Salida/Resultado
Análisis total de las variaciones provenientes de un genoma.
Procesos alternativos
Genotipifiación Sanger
Genotipificación por microarreglos
Aplicaciones
SNPs
Ancestria
Farmacogenómica
Temas relacionados
GWAS
Mapeo de alta densidad genética
Filogenómica
Genómica ecológica y de conservación
Marker assisted selection (MAS)