SNP calling

Conocimientos previos

• Secuenciación de alto rendimiento
• Ensamblado de genoma
• Alineamiento
• SNP

Descripción

El método de “SNP calling” tiene el objetivo de determinar en qué posiciones del genoma existen  polimorfismos; es decir, en qué posiciones del genoma se encuentra al menos una base nitrogenada distinta a la del genoma de referencia.

Antes de determinar los SNPs presentes en un conjunto de datos proveniente de una  secuenciación masiva, es necesario analizar las  imágenes generadas por la tecnología de secuenciación para determinar las secuencias cortas ( llamadas lecturas o reads)  pertenecientes a los fragmentos de ADN que fueron secuenciados. Después se realiza un proceso de control de calidad de las secuencias y éstas se alinean a un genoma de referencia.   Este alineamiento es comúnmente almacenado en un archivo de texto. Posteriormente, los valores de calidad asociados a cada una de las bases nitrogenadas son corregidos .

Entrada/Muestra

Alineamiento de lecturas en formato SAM/BAM.

Recursos/Material

Software para realizar el SNP calling : SOAPsnp, MAQ, Samtools, GATK, Beagle, IMPUTE2, etc.

Requisitos previos

Alineamiento en formato BAM/SAM filtrado por control de calidad.

Procedimiento

Se proporciona el alineamiento en formato BAM/SAM al programa utilizado para la determinación de SNPs (por ejemplo, Beagle).

Salida/Resultado

Archivo de texto con SNPs determinados (en formato VCF  -variant calling format-).

Fuentes de error más frecuentes

• Errores asociados a la tecnología de secuenciación (contaminación de adaptadores en el proceso de amplificación)
• Omitir filtrado de calidad de las secuencias cortas antes del alineamiento contra el genoma de referencia

Métodos alternativos

• Variant calling

Aplicaciones

• Estudio de asociación del genoma completo (GWAS)
• Farmacogenómica
• Análisis de QTLs
• Variant calling

Temas relacionados

• Base calling
• Ensamblado de genoma
• Genotype calling