SNP Calling

Conocimientos previos

• Secuenciación de alto rendimiento
• Ensamblado de genoma
• Alineamiento
• SNP

Descripción

El método de SNP calling tiene el objetivo de determinar en qué posiciones del genoma existe  al menos una base nitrogenada distinta a la de un genoma de referencia.

Para lograr esto, se analiza a las secuencias cortas (llamadas lecturas o reads)  pertenecientes a fragmentos de ADN secuenciados. Después se realiza un proceso de control de calidad de las secuencias y éstas se alinean a un genoma de referencia.   Posteriormente, los valores de calidad asociados a cada una de las bases nitrogenadas son corregidos.

Entrada/Muestra

Alineamiento de lecturas en formato utilizable para el software de SNP calling (SAM o BAM) que haya sido filtrado por control de calidad.

Recursos/Material

Software para realizar el SNP calling: SOAPsnp, MAQ, Samtools, GATK, Beagle, IMPUTE2, etc.

Requisitos previos

Alineamiento de lecturas contra un genoma de referencia.

Procedimiento

Se proporciona el alineamiento en formato BAM/SAM al programa utilizado para la determinación de SNPs (por ejemplo, Beagle). En términos generales, el programa realizará una predicción sobre la variación en un locus. Basándose en dicha predicción es posible realizar otras,  por ejemplo, sobre la potencial función de ese SNP.

Salida/Resultado

Archivo de texto con SNPs determinados (en formato VCF  -variant calling format).

Fuentes de error más frecuentes

• Errores asociados a la tecnología de secuenciación (contaminación de adaptadores en el proceso de amplificación).
• Omitir filtrado de calidad de las secuencias cortas antes del alineamiento contra el genoma de referencia.

Métodos alternativos

• Variant calling

Aplicaciones

• Estudio de asociación del genoma completo (GWAS)
• Genética de poblaciones

Temas relacionados

• Base calling
• Ensamblado de genoma
• Genotype calling