Genotipificación por secuenciación Sanger

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Conocimientos previos Secuenciación Sanger Secuenciación de alto rendimiento Genotipo  y Fenotipo Haplotipo SNP Variación genética Descripción  La genotipificación por secuenciación…

Conocimientos previos

Secuenciación Sanger
Secuenciación de alto rendimiento
Genotipo  y Fenotipo
Haplotipo
SNP
Variación genética

Descripción

 

 

 La genotipificación por secuenciación Sanger es el método usado para determinar las variaciones específicas que existen en un gen ( gene ). Estas variaciones se identifican por el método de secuenciación convencional Sanger de manera individual, es decir, gen por gen. En la investigación biomédica estas técnicas sirven para identificar tipos virales y  SNPs de genes específicos asociados a enfermedades. 1 2

 

Entrada/Muestra

Secuencia de métodos

 

1. Método de  Extracción de ADN  o

2. Método de  Extracción de ARN total NIVEL: INTERMEDIO

2.1  Método de  Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNc NIVEL: INTERMEDIO    

2.2  Método  Electroforesis (gel de agarosa y poliacrilamida) NIVEL: INTERMEDIO 

3. Método de  PCR Nivel intermedio

4. Método de  Electroforesis (gel de agarosa y poliacrilamida) NIVEL: INTERMEDIO

5. Purificación de banda: en este paso se recorta una sección del gel y se procede a su purificación. Es recomendable cargar dos muestras en el mismo gel, una marcada con bromuro de etidio y otra no (que será recortada). Esto evitará conflictos con los métodos subsecuentes. Por lo general se utilizan métodos comerciales para su purificación, de empresas como: Qiagen, Promega, Biotools, Invitrogen, etc.

6. Método de Cuantificación del ADN: se mide la concentración de ácidos nucleicos (ADN o ARN ) o proteínas en una muestra y se agrega una cantidad determinada por el usuario.

7. Método  Secuenciación convencional (Sanger) NIVEL: INTERMEDIO

8.Análisis de la secuencia y sus variaciones (Bioinformática): puede hacerse de manera manual en el caso de pocas muestras; en caso contrario, se emplean herramientas bioinformáticas para la visualización de las secuencia del gen,  alineamientos múltiples de las secuencias, BLAST de múltiples secuencias, árboles filogenéticos, softwares de análisis de variaciones (ej.: SVAMP), etc.) y gráficos como Weblogo para ayudar a mejorar la observación de los sitios conservados y no conservados.

 

Salida/Resultado
Secuencia de un gen o un fragmento de ADN o ADNc con los análisis de sus variaciones.

Procesos alternativos

 

Genotipifiación por microarreglo

Genotipificación por secuenciación de alto rendimiento

Aplicaciones

 

Filogenia

SNPs

Ancestria

Farmacogenómica

Diagnostico clínico

Temas relacionados

 

Filogenética

Detección de variantes

Genotipificación de ADNmt

Notas

 

Si no se cuenta con el tiempo para mandar secuenciar la muestra, se pueden utilizar  enzimas de restricción (proteínas que cortan sitios específicos de secuencias de ADN y dan un patrón de bandeo correspondiente a un fenotipo), pero es necesario correr la muestra junto con un control positivo que dé el patrón de bandas esperado en el gel.

Referencias:

Chávez, P. (2007). Genotipificación de VIH-1 en pacientes con terapia antiretroviral basado en una porción genética de la transcriptasa reversa. 2016, de Cybertesis Sitio web: http://cybertesis.unmsm.edu.pe/handle/cybertesis/888 Medina, L. (2015). Genotipificación del virus del papiloma humano mediante secuenciamiento y PCR cuantitativa en tiempo real y detección de variantes intratípicas por análisis fitogenético. 2016, de Cybertesis Sitio web: http://www.dspace.espol.edu.ec/xmlui/bitstream/handle/123456789/29767/TESIS-ESPOL-Lex%20Medina.pdf?sequence=1&isAllowed=y
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Cómo citar: Checa Rojas, A. (2016, 22 de Junio ) Genotipificación por secuenciación Sanger. Conogasi, Conocimiento para la vida. Fecha de consulta: Octubre 15, 2018

Esta obra está disponible bajo una licencia de Creative Commons Reconocimiento-No Comercial Compartir Igual 4.0

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