Genotipificación por microarreglos

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Conocimientos previos Microarreglos Genotipo y Fenotipo Haplotipo SNP Variación genética Descripción La genotipificación por microarreglos es el método usado para determinar…
Conocimientos previos
  • Microarreglos
  • Genotipo y Fenotipo
  • Haplotipo
  • SNP
  • Variación genética
Descripción

La genotipificación por microarreglos es el método usado para determinar las variaciones específicas que existen en los  genes de un individuo. El estudio de los genes es crucial para comprensión de los procesos biológicos que se llevan a cabo en una célula, así como de los que se llevan a cabo en una enfermedad. La genotipificación de microarreglos de  ADN  nos permite estudiar muchas variantes dentro de un genoma (el cual está compuesto por miles de genes) a la vez. En la investigación biomédica, estas técnicas sirven para identificar tipos virales,  SNPs asociados a enfermedades, análisis de ancestría, etc.

Entrada/Muestra
Secuencia de métodos

1. Método de Extracción de ADN (Extracción de ADN.  Nivel básico) o Método de Extracción de ARN total (Extracción de ARN total: Nivel Básico) [1]: Se le llama extracción al método por el cual se obtiene el ADN a partir de células que pueden provenir de: un cepillado bucal, saliva, sangre o cualquier tejido.

2.1  Método de Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNc ( Aislamiento de ARNm y síntesis de ADNc, Nivel Básico ): Este método consiste en separar el ARN mensajero ( ARNm ) a partir de una muestra de  ARN  total. 

2.2  Método Electroforesis (gel de agarosa) ( Electroforesis (gel de agarosa y poliacrilamida) Nivel básico ):  Es un método por el cual se separan moléculas, donde un gel actúa como filtro para separar a los componentes de la mezcla de acuerdo a su tamaño.

3.Método Cuantificación del ADN o ADNc: después de la extracción del ADN o la síntesis de ADNc es necesaria su cuantificación y el análisis de la calidad de las moléculas obtenidas. Para esto se utiliza un espectrofotómetro, el cual mide la concentración en una muestra.

4. Método de Microarreglo:  Es un método que emplea secuencias de ADN o ADNc marcadas con dos colores diferentes y el cual emplea una muestra control y una muestra ‘problema’ (ejemplo: células de cáncer/problema, marcadas con color rojo; y células sanas/control, marcadas de color verde). Estas secuencias marcadas se unen a sus secuencias complementarias que se encuentran adheridas a una placa, lo que permite compararlas y estudiar sus diferencias.
5. Análisis de un microarreglo (Bioinformática): se emplean herramientas bioinformáticas para analizar las secuencias del genoma 3.

Salida/Resultado
Análisis de las variaciones genéticas dentro de un genoma o un transcriptoma .
Procesos alternativos

Genotipificación por Sanger

Genotipificación por secuenciación de alto rendimiento

Aplicaciones

GWAS

Mapeo de alta densidad genética

Filogenómica

 Genómica ecológica y de conservación 

Marker assisted selection (MAS)

SNPs

Ancestria 

Farmacogenómica

 

Temas relacionados

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Fuentes de error

Calidad de las muestras

Calidad del ARN total

Calidad del ADN

Diseño del estudio

Ruido de fondo de la imagen

Tamaño insuficiente del muestreo

Limitación tecnológica

Notas

El análisis del número de SNP es limitado y va desde 10,000 hasta un poco más de  900,000 3

 

Referencias:

Gunderson, K., Steemers, F., Lee, G., Mendoza, L., Chee, M. (2005). A genome-wide scalable SNP genotyping assay using microarray technology. Nature Genetics 37, 549 - 554 Ritchie, M.m Carvalho, B., Hetrick, K., Tavaré, S., Irizarry, R. (2006). R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Genome Research 16: 1136-1148 Lamy, P., Grove, J., Wiuf, C. (2011). A review of software for microarray genotyping. (2016) Human Genomics, 5(4), 304–9.
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Cómo citar: Checa Rojas, A. (2016, 14 de Noviembre ) Genotipificación por microarreglos. Conogasi, Conocimiento para la vida. Fecha de consulta: Noviembre 16, 2018

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