Nivel intermedio
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Inferencia (faseo) de haplotipos

Conocimientos previos Haplotipo SNP Alelo Secuenciación de alto rendimiento SNP calling Descripción La inferencia de haplotipos, también llamada ‘faseo',  consiste en una estimación sobre qué alelos se encuentran co-localizados en un mismo cromosoma . Es relevante obtener dichos datos a partir de genotipos obtenidos de experimentos de, por ejemplo, SNP calling para poder realizar inferencias sobre variación genética.   Entrada/Muestra Archivo… leer más "Inferencia (faseo) de haplotipos"
Nivel avanzado
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Ensamblado de secuencias

Conocimientos previos Genoma Secuenciación Lectura   Descripción El ensamblado es un procedimiento bioinformático cuya finalidad es reconstruir la secuencia original de una muestra fragmentada por cualquier método de secuenciación. Este proceso depende fuertemente de realizar una secuenciación profunda, pues los algoritmos dedicados a esto trabajan bajo la suposición de que fragmentos similares de lecturas se originan de una misma posición… leer más "Ensamblado de secuencias"
Nivel intermedio
Ciencias naturales > Ciencias biológicas >
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Ensamblado de secuencias

Conocimientos previos Genoma Secuenciación Lectura   Descripción El ensamblado es un procedimiento bioinformático cuya finalidad es reconstruir la secuencia original de una muestra fragmentada por cualquier método de secuenciación. Los algoritmos dedicados a esto trabajan bajo la suposición de que fragmentos similares de lecturas se originan de una misma posición en el genoma. Esto se traduce en que el software… leer más "Ensamblado de secuencias"
Nivel intermedio
Conocimiento > Ciencias matemáticas >
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Análisis de correlación

Conocimientos previos Media Varianza Covarianza Sumatoria   Descripción El análisis de correlación es un procedimiento estadístico que nos permite determinar si dos variables están relacionadas o no. El resultado del análisis es un coeficiente que puede tomar valores entre -1 y +1.  El signo indica el  tipo de correlación entre las variables. Un signo positivo indica que existe una relación… leer más "Análisis de correlación"
Nivel intermedio
Ciencias naturales > Ciencias biológicas >
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SNP Calling

Conocimientos previos Secuenciación de alto rendimiento Ensamblado de genoma Alineamiento SNP   Descripción El método de SNP calling tiene el objetivo de determinar en qué posiciones del genoma existe  al menos una base nitrogenada distinta a la de un genoma de referencia. Para lograr esto, se analiza a las secuencias cortas (llamadas lecturas o reads)  pertenecientes a fragmentos de ADN secuenciados. Después… leer más "SNP Calling"
Nivel básico
Genómica > Genómica funcional >
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Estudio de asociación del genoma completo (GWAS)

Conocimientos previos Variación genética SNP Alelo Haplotipo Genotipo Fenotipo Secuenciación de alto rendimiento   Descripción Un estudio de asociación del genoma completo (GWAS por sus siglas en inglés) consiste en el análisis de múltiples variaciones genéticas  a lo largo de de los genomas de dos poblaciones, una control y una problema. De acuerdo a la frecuencia de las variantes estudiadas… leer más "Estudio de asociación del genoma completo (GWAS)"
Nivel básico
Ciencias naturales > Ciencias biológicas >
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Inferencia (faseo) de haplotipos

Conocimientos previos Haplotipo SNP Inferencia de haplotipos Los resultados de experimentos que involucran la identificación de SNPs ofrecen mucha información sobre diversidad de genotipos, pero no permiten determinar detalles sobre la distribución de variación genética. Esto se debe a que dichos métodos arrojan luz sobre qué  variaciones existen, pero no sobre su localización y co-ocurrencia en el contexto ‘espacial’ que… leer más "Inferencia (faseo) de haplotipos"
Nivel básico
Ciencias naturales > Ciencias biológicas >
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Ensamblado de secuencias

Conocimientos previos Genoma Secuenciación Lectura de ADN   Ensamblado de secuencias La mayoría de plataformas de secuenciación de alto rendimiento proveen una gran cantidad de información en la forma de lecturas, es decir, de versiones en texto de fragmentos pequeños de una secuencia de ADN o ARN. El ensamblado es el proceso computacional a través del cual te procura rearmar… leer más "Ensamblado de secuencias"
Nivel básico
Conocimiento > Ciencias matemáticas >
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Análisis de correlación

Conocimientos previos Variable Varianza Covarianza   Descripción En la rama de la estadística, la correlación se refiere a que existe un vínculo entre varios eventos. Una de las herramientas que nos permite inferir si existe dicho vínculo es justamente el análisis de correlación. Este procedimiento tiene por objetivo indicarnos si existe relación entre dos eventos – es decir, variables–, un… leer más "Análisis de correlación"
Nivel básico
Ciencias naturales > Ciencias biológicas >
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SNP calling

Conocimientos previos Secuenciación de alto rendimiento Ensamblado de genoma Alineamiento SNP   Descripción Los datos que se obtienen de realizar secuenciación de alto rendimiento sobre una muestra de ADN pueden utilizarse con muchas finalidades. Para analizar estos datos es necesario realizar procedimientos que los pongan en contexto; realizar ensamblados de genoma y alineamientos contra un genoma de referencia es la… leer más "SNP calling"
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[EQC-2015]-Ácido desoxirribonucleico (ADN)

 ¿Qué es? El ácido desoxirribonucleico o ADN es un  polímero  que guarda información biológica; es decir, contiene las instrucciones que permiten a los seres vivos desarrollarse, sobrevivir y reproducirse1 . En este  último proceso se crean duplicados del ADN, mismos que se heredan de generación en generación. La información guardada en el ADN se traduce en características físicas (como una receta… leer más "[EQC-2015]-Ácido desoxirribonucleico (ADN)"