RNA-seq

RNA-seq se refiere a la secuenciación de moléculas de ARN. En general, una población de moléculas ARN es convertida a fragmentos de cDNA (ADN complementario) con adaptadores ligados a cada extremo de cada uno de los fragmentos. Posteriormente cada molécula es amplificada o no (dependiendo de la plataforma de secuenciación utilizada) y secuenciada para obtener secuencias cortas. Una vez secuenciado el ARN, los datos generados son analizados de acuerdo al diseño experimental y pregunta biológica. Las lecturas pueden ser mapeadas a un genoma de referencia o ensambladas de-novo para identificar y cuantificar transcritos de ARN o para realizar una anotación funcional de ellos.

Algunas de las plataformas de secuenciación más utilizadas son:

– Illumina- Applied Biosystems SOLiD

Una de las ventajas de la secuenciación de RNA en comparación a los microarreglos es que no tiene señales de fondo (señales ruidosas) debido a que las secuencias pueden ser caracterizadas sin ambigüedad en el genoma. Además, permite cuantificar de manera más precisa la abundancia de transcritos lo cual es indispensable para analizar la expresión diferencial de genes.

Ejemplo de uso:

“Mientras que la secuenciación directa de moléculas de ARN es posible, la mayoría de los experimentos de RNA-seq son llevados a cabo en instrumentos que secuencían moléculas de ADN debido a la madurez técnica de los instrumentos comerciales diseñados para la secuenciación basada en ADN.”